Одним из учеников Микао Усуи был Чуджиро Хаяши, морской офицер, ушедший в отставку в возрасте 45 лет, но все еще состоявший в резерве. Он стал Мастером Рейки и открыл свою клинику Рейки в Токио. Хаяши получил обучение высшей ступени Рейки у доктора Усуи в 1925 году, в возрасте 47 лет, и стал его последователем. 

Чуджиро Хаяши обучил 16 мастеров Рейки за время своей жизни. По характеру он был очень строгий человек, поэтому многие его ученики не могли выдержать его строгости. Если во время занятия и целительства ученики начинали разговаривать, то он просто выгонял их. Клиника Хаяши была популярна. Очень многие люди, поступив в клинику, получили исцеление и избавились от проблем со здоровьем и страданий. Там работала команда практикующих Рейки. Целители, три-пять человек, исцеляли одного пациента стационарно до полного выздоровления.
В клинику Рейки в Токио можно было обращаться как для лечения, так и для обучения. Пациенты жили в клинике во время лечения. Целители Рейки также посещали на дому тех пациентов, которые не могли приехать в клинику.

Чуджиро Хайяши был врачом. И он выделил и развил именно медицинско-целительский аспект традиции. Как врач – он формализовал сеансы Рэйки, разработал позиции, «добавил в Рэйки логику».

В это время уже начиналась Вторая Мировая война, и Хаяши, как морской офицер, должен был возвращаться в армию. Исходя из своих духовных принципов, он не мог участвовать в боевых действиях. Он предвидел, что последствия этой войны будут очень тяжелые, Япония может быть уничтожена, и ни одного мастера Рейки не останется. Тогда, чтобы спасти знания о Рейки, он решил передать их за границу.

Клиника Хаяши была уничтожена во время Второй Мировой войны, но некоторые родственники и ученики Чуджиро Хаяши остались в живых. Система Рейки продолжала развиваться. С тех пор в Японии появилось много школ Рейки. По старым традициям, даже в наши дни, получать знания не могут иностранцы и граждане Японии, которые живут за границей, но обрести исцеление могут все.